دعاء الاستخارة جاء فيه الحديث الصحيح الـمُخرَّج في (البخاري) وغيره من قوله -عليه الصلاة والسلام-: «إذا هَمَّ أحدكم بالأمر، فليركع ركعتين من غير الفريضة»، وجاء في بعض الروايات أنه يقرأ فيهما سورة الكافرون وسورة الإخلاص، ثم بعد ذلك إذا سلَّم يدعو بالدعاء الوارد في الصحيح، وكونه إذا سلَّم يدل عليه قوله: «فليركع ركعتين من غير الفريضة، ثم ليقل»، و«ثم» للعطف مع التراخي، فدل على أنه يقول الدعاء بعد سلامه، ثم ليقل في دعاء الاستخارة: «اللهم إني أستخيرك بعلمك وأستقدرك بقدرتك، وأسألك من فضلك العظيم، فإنك تقدر ولا أقدر، وتعلم ولا أعلم، وأنت علام الغيوب، اللهم إن كنت تعلم أن هذا الأمر –يسميه- خير لي في ديني ومعاشي وعاقبة أمري -أو قال عاجل أمري وآجله- فاقدره لي ويسره لي، ثم بارك لي فيه، وإن كنت تعلم أن هذا الأمر شر لي في ديني ومعاشي وعاقبة أمري -أو قال في عاجل أمري وآجله- فاصرفه عني واصرفني عنه، واقدر لي الخير حيث كان، ثم أرضني» قال: «ويسمي حاجته» [البخاري: 1162]. ثم إذا ترجح له أحد الأمرين من الإمضاء أو الرد فإنه يكون هو الذي اختاره الله له، وإن لم يترجَّح له كرر الاستخارة. وجاء في بعض الروايات التي أشار إليها ابن حجر في (فتح الباري) أنه يكرر إلى سبع مرات.
وبالنسبة للعلم بالرجحان فمن أهل العلم من يقول: إن هناك شعورًا وميلًا إلى أحد الأمرين بسبب هذه الاستخارة، وهو الذي اختاره الله له، ومنهم من يقول: ولو لم يحصل هناك مرجح إذا بذل السبب فإن ما يفعله هو المختار من قبل الله -جل وعلا- له.