وقت الوتر يبدأ من الفراغ من صلاة العشاء، وينتهي بطلوع الصبح، ولا شك أن آخر الوقت أفضل من أوله لمن وثق من نفسه أنّه يقوم في آخر الليل، فتأخيره إلى الثلث الأخير أفضل من كونه يؤدى في أول الليل، ومن لم يثق من نفسه بقيام آخر الليل فليوتر قبل أن ينام كما أوصى النبي -عليه الصلاة والسلام- بعض الصحابة.
إذا طلع الفجر ولم يوتر الإنسان فإنّه يقضيه، وقد قضاه بعض السلف ما بين طلوع الفجر إلى صلاة الصبح، ولكن هذا القول مخالف لما جاء عنه -عليه الصلاة والسلام- من أنه «انتهى وتره إلى السحر» [البخاري: 996]، وقال: «صلاة الليل مثنى مثنى، فإذا خشي أحدكم الصبح صلى ركعة واحدة توتر له ما قد صلى» [البخاري: 990]، فعلى هذا إذا طلع الفجر انتهى وقت الوتر، وأهل العلم يقولون: إن له أن يقضيه بعد ارتفاع الشمس وخروج وقت النهي، فيصليه قضاءً، ويشفعه لا يصليه وترًا، فإن كان ممن يوتر بإحدى عشرة ركعة فليصلِّ ثنتي عشرة ركعة، يصليها ركعتين ركعتين حتى يتم ثنتي عشرة ركعة، وإن كان يوتر بثلاث ركعات يصلي أربعًا، وإن كان يوتر بخمس يصلي ستًا، وإن كان يوتر بسبع يصلي ثمانيًا، وهكذا، يزيد واحدة على ما كان يفعله بالليل وترًا.
ويستمر وقت القضاء إلى قبل مجيء وقت النهي الثاني الذي هو حين يقوم قائم الظهيرة، فهذا وقت نهي إلى أن تزول الشمس.