الإمام ابن عبد البر مالكي المذهب، لكنه يُرجِّح غير ما يراه الإمام مالك تبعًا للدليل، ومن أظهر المسائل التي رجحها وهي مشهورة عند المالكية؛ تفضيل المدينة على مكة، فقد بحث الإمام ابن عبد البر المسألة بحثًا مستفيضًا، وخرج بترجيح مكة على المدينة خلافًا لما يقوله إمامه. يقول ابن حزم عنه: (لا أعلم في الكلام على فقه الحديث مثله أصلًا، فكيف أحسن منه؟).